Analyse de la méthylation d’ADN sur puces : étude comparative d’échantillons de tissus congelés et tissus FFPE

International audience ; Les études de méthylome permettent de mesurer sur l’intégralité du génome les niveaux de méthylation des sites CpG qui conditionne l’expression des gènes dans chaque cellules et sont réalisées à partir de tissus cryo-préservés ou fixés. En clinique, la méthode de fixation dans le formol et d’inclusion dans la paraffine (FFPE) représente un moyen incontournable de conservation des biopsies. L’étude du méthylome à partir des ADNs extraits de tissus FFPE,souvent dégradés en raison des conditions de fixation et d’inclusion des tissus, reste un défi. Plusieurs techniques d’analyse de méthylation ont été développées dont la puce Infinium Methylation EPIC (850K) d’Illumina. Cette puce commercialisée depuis 2015, permet d’analyser 850 000 sites de méthylation répartis sur l’ensemble du génome humain. Afin d’améliorer la qualité des ADNs issus de matériel conservé par FFPE et par conséquent la reproductibilité de la méthode, une optimisation de protocole par une étape de « restauration » a été introduite. Dans une étude pilote, nous avons comparé par puce Illumina Infinium Methylation EPIC, le méthylome de tumeurs cérébrales ayant été conservées en parallèle par congélation et en paraffine dans le but d’optimiser l’analyse du méthylome sur tissus FFPE. Nous avons donc comparé des paires de biopsies tumorales : Cryo-préservées versus FFPE. Les résultats montrent une distribution des valeurs β des niveaux de méthylation similaire entre les échantillons FFPE et leurs paires congelées, bien que les intensités des sondes soient plus faibles dans le cas des tissus FFPE dégradés par rapport aux congelés ; elles restent néanmoins exploitables.La corrélation des paires FFPE-congelés reste élevée sur la base des valeurs β des sondes filtrées sur les SNP (r2 moyen = 0.92, intervalle entre 0.86 et 0.98). Une corrélation est aussi observée au niveau des intensités des sondes qui s’hybrident sur le chromosome Y et qui permettent de valider l’appartenance au même sexe des échantillons appariés. Cependant, sur ...