Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking
In: ISSN: 1087-0156 ; Nature Biotechnology ; https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01371824, 2016
academicJournal
Zugriff:
International audience ; The potential of the diverse chemistries present in natural products (NP) for biotechnology and medicine remains untapped because NP databases are not searchable with raw data and the NP community has no way to share data other than in published papers. Although mass spectrometry (MS) techniques are well-suited to high-throughput characterization of NP, there is a pressing need for an infrastructure to enable sharing and curation of data. We present Global Natural Products Social Molecular Networking (GNPS; http://gnps.ucsd.edu), an open-access knowledge base for community-wide organization and sharing of raw, processed or identified tandem mass (MS/MS) spectrometry data. In GNPS, crowdsourced curation of freely available community-wide reference MS libraries will underpin improved annotations. Data-driven social-networking should facilitate identification of spectra and foster collaborations. We also introduce the concept of 'living data' through continuous reanalysis of deposited data.
| Titel: |
Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking
|
|---|---|
| Autor/in / Beteiligte Person: | Wang, Mingxun ; Carver, Jeremy J. ; Phelan, Vanessa V. ; Sanchez, Laura M. ; Garg, Neha ; Peng, Yao ; Nguyen, Don Duy ; Watrous, Jeramie ; Kapono, Clifford A. ; Luzzatto-Knaan, Tal ; Porto, Carla ; Bouslimani, Amina ; Melnik, Alexey V. ; Meehan, Michael J. ; Liu, Wei-Ting ; Crüsemann, Max ; Boudreau, Paul D. ; Esquenazi, Eduardo ; Sandoval-Calderon, Mario ; Kersten, Roland D. ; Pace, Laura A. ; Quinn, Robert A. ; Duncan, Katherine R. ; Hsu, Cheng-Chih ; Floros, Dimitrios J. ; Gavilan, Ronnie G. ; Keligrewe, Karin ; Northen, Trent ; Dutton, Rachel J. ; Parrot, Delphine ; Carlson, Erin E. ; Aigle, Bertrand ; Michelsen, Charlotte F. ; Jelsbak, Lars ; Sohlenkamp, Christian ; Pevzner, Pavel ; Edlund, Anna ; McLean, Jeffrey ; Piel, Jörn ; Murphy, Brian T. ; Gerwick, Lena ; Liaw, Chih-Chuang ; Yang, Yu-Liang ; Humpf, Hans-Ulrich ; Maansson, Maria ; Keyzers, Robert A. ; Sims, Amy C. ; Johnson, Andrew R. ; Sidebottom, Ashley M. ; Sedio, Briand E. ; Klitgaare, Andreas ; Larson, Charles B. ; P., Cristopher A. Boya ; Torres-Mendoza, Daniel ; Gonzalez, David J. ; Silva, Denise B. ; Marques, Lucas M. ; Demarque, Daniel P. ; Pociute, Egle ; O’Neil, Ellis C. ; Briand, Enora ; Helfrich, Eric J.N. ; Granotosky, Eve A. ; Glukhov, Evgenia ; Ryffel, Florian ; Houson, Hailey ; Mohimani, Hosein ; Kharbush, Jenan J. ; Zeng, Yi ; Vorholt, Julia A. ; Kurita, Kenji L. ; Charusanti, Pep ; McPhail, Kerry L. ; Nielsen, Kristian Fog ; Vuong, Lisa ; Elfeki, Maryam ; Traxler, Matthew F. ; Engene, Niclas ; Koyama, Nobuhiro ; Vining, Oliver B. ; Baric, Ralph ; Silva, Ricardo R. ; Mascuch, Samantha J. ; Tomasi, Sophie ; Jenkins, Stefan ; Macherla, Venkat ; Hoffman, Thomas ; Agarwal, Vinayak ; Williams, Philip G. ; Dai, Jingqui ; Neupane, Ram ; Gurr, Joshua ; Rodriguez, Andrés M.C. ; Lamsa, Anne ; Zhang, Chen ; Dorrestein, Kathleen ; Duggan, Brendan M. ; Almaliti, Jehad ; Allard, Pierre-Marie ; Phapale, Prasad ; Nothias, Louis-Felix ; Alexandrov, Theorodore ; Litaudon, Marc ; Wolfender, Jean-Luc ; Kyle, Jennifer E. ; Metz, Thomas O. ; Peryea, Tyloer ; Nguyen, Dac-Trung ; VanLeer, Danielle ; Shinn, Paul ; Jadhav, Ajit ; Müller, Rolf ; Waters, Katrina M. ; Shi, Wenyuan ; Liu, Xueting ; Zhang, Lixin ; Knight, Rob ; Jensen, Paul R. ; Palsson, Bernhard Ø ; Pogliano, Kit ; Linington, Roger G. ; Gutierrez, Marcelino ; Lopes, Norberto P. ; Gerwick, William H. ; Moore, Bradley S. ; Dorrestein, Pieter C. ; Bandeira, Nuno ; Computer Science and Engineering ; University of California San Diego (UC San Diego) ; University of California-University of California ; Collaborative Mass Spectrometry Innovation Center ; KDDI R&D Laboratories Inc. Saitama ; Shandong University of Science and Technology ; Institut des Sciences Chimiques de Rennes (ISCR) ; Université de Rennes 1 (UR1) ; Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes) ; Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Rennes (ENSCR)-Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ; Dynamique des Génomes et Adaptation Microbienne (DynAMic) ; Université de Lorraine (UL)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) ; Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology Zürich (ETH Zürich) ; Consortium, Metacohorts ; Ecosystèmes, biodiversité, évolution Rennes (ECOBIO) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR)-Institut Ecologie et Environnement (INEE) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes 1 (UR1) ; Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES) ; University of Campinas Campinas (UNICAMP) ; Unité mixte de physique CNRS/Thales (UMPhy CNRS/THALES) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-THALES ; Department of Civil Engineering ; University of Siegen ; Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) ; Institut de Chimie du CNRS (INC)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ; Institut de recherches sur la catalyse et l'environnement de Lyon (IRCELYON) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Chimie du CNRS (INC) ; Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (Phys-ENS) ; École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon ; Skaggs School of Pharmacy and Pharmaceutical Sciences San Diego ; CNPq, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ; 2014/01884-2, FAPESP, São Paulo Research Foundation ; 2013/16496-5, FAPESP, São Paulo Research Foundation ; NIAID, National Institute of Allergy and Infectious Diseases ; K01 GM103809, NIH, National Institutes of Health ; 31125002, NSFC, National Natural Science Foundation of China ; 5R21AI085540, NIH, National Institutes of Health ; 81102369, NSFC, National Natural Science Foundation of China ; CN-12-552, CONACYT, Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología ; DEB 1010816, NSF, National Science Foundation ; DAAD, German Academic Exchange Service ; K12 GM068524, NIH, National Institutes of Health ; RCSA, Research Corporation for Science Advancement ; K99DE024543, NIH, National Institutes of Health ; PQ 480 306385/2011-2, CNPq, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico ; T32 GM075762, NIH, National Institutes of Health ; U01TW006634-06, NIH, National Institutes of Health ; U19-AI106772, NIAID, National Institute of Allergy and Infectious Diseases ; U19-AI106772, NIH, National Institutes of Health ; DFG, Deutsche Forschungsgemeinschaft ; 2014/50265-3, FAPESP, São Paulo Research Foundation ; 1F32GM089044, NIH, National Institutes of Health ; 1R01DE023810-01, NIH, National Institutes of Health ; 1R01GM095373, NIH, National Institutes of Health ; 200020-146200, FNS, French Norwegian Foundation ; 2012/18031-7, FAPESP, São Paulo Research Foundation |
| Link: | |
| Zeitschrift: | ISSN: 1087-0156 ; Nature Biotechnology ; https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01371824, 2016 |
| Veröffentlichung: | HAL CCSD ; Nature Publishing Group, 2016 |
| Medientyp: | academicJournal |
| DOI: | 10.1038/nbt.3597 |
| Schlagwort: |
|
| Sonstiges: |
|